Misuari dalam persembunyian sejak September 2013 dan mengetuai pemberontakan berdarah, tetapi Duterte menyambutnya dan mereka berbincang mengenai bagaimana untuk menamatkan pemberontakan 5 dekad di selatan negara itu.

Misuari mengasaskan Barisan Pembebasan Kebangsaan Moro (MNLF) pada 1969.

Beliau diterbangkan ke istana presiden dari pangkalannya di pulau Jolo, kawasan militan Abu Sayyaf yang menjalankan sindiket penculikan untuk tebusan dan pernah memenggal kepala tebusan baik warga Filipina mahupun warga asing.

Abu Sayyaf dikaitkan kepada Al-Qaeda.

Walaupun MNLF dan Abu Sayyaf tidak punyai kaitan, Misuari terbabit dalam rundingan untuk membebaskan beberapa tabusan.

“Saya tak boleh tolak jemputan itu kerana saya hormati beliau,” kata Misuari mengenai Duterte.

“Beliau kembalikan kebebasan saya.”

Duterte mengarahkan mahkamah supaya mengantung waran itu supaya mereka boleh berbincang mengenai proses damai yang tertangguh dan menangani Abu Sayyaf.

Duterte sebelum ini mengarahkan militan Abu Sayyaf dihapuskan dan menolak sebarang rundingan dengan mereka.

“Sekarang kita boleh berbincang mengenai masalah negara kita, revolusi yang kamu ketuai selama ini dan akhirnya, mencari suatu persetujuan bersama dengan kerajaan,” kata Duterte.

Perjuangan pejuang Islam untuk mendapatkan kemederkaan dalam sebuah negara majoriti Roman Katolik menyaksikan lebih 120,000 orang maut dan 2 juta lagi menjadi pelarian.

Kerajaan pernah menandatangani perjanjian damai dengan 2 kumpulan pemberontak yang saling bersaing tetapi belum dapat melaksanakannya kerana Kongres di bawah pentadbiran lepas gagal meluluskan undang-undang yang mewujudkan kawasan autonomi untuk orang Islam di selatan.

Gencatan senjata antara kerajaan dan Barisan Pembebasan Islam Moro berkuatkuasa sejak 2004. Kumpulan Misuari cuba merampas bandar Zamboanga pada 2013, lalu mencetuskan kepungan berdarah selama sebulan.